第三河川局所轄管之貓羅溪南投市河段，兩岸需施作堤防護岸處已完成，經大斷面測量檢測已達計畫通洪標準，使保護標的避免受洪氾侵襲，近年亦持續與南投縣政府共同辦理易淹水地區治理計畫及流域綜合治理計畫，以降低水患影響。
南投市貓羅溪河段較為平緩，容易淤積，為擴增通洪斷面，振興橋至南崗大橋間河段自100年~105年總疏濬土方量達125萬立方公尺。目前正辦理貓羅溪振興橋至綠美橋及祖師橋至南崗大橋河段疏濬，再增加通洪斷面以順暢水流，預計疏濬約26萬立方公尺。
貓羅溪沿岸較低漥處降雨易積水，無法順利導排至貓羅溪，針對此情形，南投縣政府已提報外轆排水等易淹水之縣管區域排水，納入流域綜合計畫辦理改善，不屬該計畫之區域排水，也持續自行檢討辦理中；另縣府及公所平時即對區域排水辦理清疏，暢通水道，當颱洪事件來臨即啟動社區自主防災，以因應可能造成之水患。
第三河川局結合地方政府及社區，除建立自主防災機制並定期演練，近年南投市營南里水患自主防災社區運作成效良好，多次獲得特優評鑑，藉此，期以中央及地方通力合作，工程及非工程方式並濟，降低水患風險。