本局依中華民國91年1月25日總統(九一)華總一義字第09100015630號令制定公布,自民國91年 3月28日施行規定於民國91年3月28日成立,置局長一人,綜理局務,置副局長一人襄理局務,置秘書一人,協助局長處理行政業務,並設規劃、工務、管理、資產課、秘書、會計、人事、政風室掌理各項業務。102年1月1日施行「主計機構人員設置管理條例」,將「會計室」修改為「主計室」。
緊急應變小組:為任務編組,於有災害發生之虞時開設,辦理水災,旱災,地震等災害防救業務 ,應變稟報等事項。