本局依中華民國91年1月25日總統(九一)華總一義字第09100015630號令制定公布，自民國91年 3月28日施行規定於民國91年3月28日成立，置局長一人，綜理局務，置副局長一人襄理局務，置秘書一人，協助局長處理行政業務，並設規劃、工務、管理、資產課、秘書、會計、人事、政風室掌理各項業務。102年1月1日施行「主計機構人員設置管理條例」，將「會計室」修改為「主計室」。
緊急應變小組：為任務編組，於有災害發生之虞時開設，辦理水災，旱災，地震等災害防救業務 ，應變稟報等事項。
