經濟部水利署第三河川局為因應強降雨來襲，在中央氣象局發布豪雨特報前，已展開防災整備工作，首波梅雨鋒面即將來臨時，即於106年6月1日18:00成立0601豪雨應變小組三級開設，針對在建工程、非工程措施、抽水站，與轄區各縣市政府聯繫，再次檢查防汛整備工作。
0601豪雨由於鋒面滯留彰化南投一帶，致轄內多座雨量站達超大豪雨等級(24小時累積雨量達500mm以上)，第三河川局轄區於6月2日06時起開始明顯降雨，轄內平均累積降雨達300~600mm。至6月3日即有零星積水及搶險（修）發生於烏溪及貓羅溪流域之南投縣南投市、草屯鎮等地區。
6月3日20時起陸續調度大型移動式抽水機前往南投市軍功橋、天龍府、南崗大橋及小溪橋處支援抽水工作，直至6月4日15時降雨漸緩，地方政府無需求時，抽水機完成任務歸建。
6月4日約12時，工程搶險人員回報烏溪草屯鎮雙冬二號堤防在本次豪雨洪流衝擊下破損150公尺，當日即動員大批機具搶險，以防後續損傷擴大，預計一周可完成搶險，恢復堤防大部分保護功能。
中央氣象局表示未來於6月中旬時尚有鋒面來襲，第三河川局將嚴密監控水情並隨時應變，同時與轄區縣市政府保持密切聯繫及提供必要之警戒資訊與支援，同仁亦將戮力做好各項防汛整備，隨時投入進行各項緊急應變工作，以保障民眾生命財產安全。