第三河川局轄區範圍廣大，每年辦理之工程數量甚多，除派遣監造人員督辦工程外，為有效控管施工中之工程，對於疏濬工程、河道整理工程或地處偏遠之工程等，另聘請保全24小時監控管理，以避免產生不法情形。
目前政府單位選擇保全廠商方式為於臺灣銀行共同供應契約中下訂，但共同供應契約中之保全廠商數量上百家，各廠商擅專業務不一或良莠不齊，第三河川局為有效篩選出適合條件之保全廠商，特別訂定「經濟部水利署第三河川局保全督導暨遴選程序事項」，藉由邀請有意願參與該局業務之保全廠商進行簡報評審，篩選出適合機關的保全廠商，以作為機關未來選用保全廠商。
第三河川局表示對於執行業務中之保全亦訂有督導機制，如果保全廠商在執行業務過程中有不善之處，第三河川局將予扣點並且列入次年度選商之評審參考，期藉由該督導機制督促保全廠商積極任事以提升工程品質。